Il britannico Danny Kent dopo aver centrato il miglior tempo delle Free Practice 1, è stato il più veloce nella seconda sessione di prove libere della classe Moto3 a Motegi.
Il pilota del Team Red Bull Husqvarna Ajo ha fermato il cronometro sul tempo 1:57.317, andando a precedere di soli 58 millesimi lo spagnolo della Honda Alex Rins.
Terzo e quarto tempo per le Mahindra del portoghese Miguel Oliveira e del sud africano Brad Binder, mentre gli alfieri del Team Gresini Enea Bastianini e Niccolò Antonelli sono quinta e sesta posizione.
Chiudono la Top Ten gli spagnoli Alex Marquez, Isaac Vinales, Efren Vazquez e il ceco Jakub Kornfeil. Quattordicesimo tempo per la KTM dello Sky Racing Team VR46 di Romano Fenati, mentre Alessandro Tonucci con la Mahindra del Team CIP è sedicesimo e davanti a Francesco Bagnaia.
Ventesimo e ventottesimo tempo per le Mahindra del Team Italia di Matteo Ferrari e Andrea Locatelli.